Dans la région de Hoenn, les joueurs incarnent un jeune dresseur Pokémon qui commence son voyage pour devenir le Champion Pokémon. Le professeur Seko leur confie leur premier Pokémon, et ils partent à l'aventure à travers différentes villes, routes et environnements variés.
L'objectif principal du joueur est de collectionner les Badges d'Arène en défiant les chefs d'arène, tout en contrecarrant les plans de la Team Magma, une organisation maléfique qui cherche à utiliser le pouvoir des Pokémon légendaires pour altérer l'équilibre de la région.
 
Le jeu introduit de nouveaux concepts et fonctionnalités, tels que les Combats Doubles, permettant aux joueurs d'utiliser deux Pokémon en même temps, ainsi que la possibilité de plonger sous l'eau pour explorer des zones cachées. Les joueurs peuvent également participer à des Concours Pokémon, mettant en valeur la beauté et la grâce de leurs Pokémon.
 
En cours de route, le joueur rencontrera des rivaux, des dresseurs puissants, et devra faire preuve de stratégie pour devenir le Champion de la Ligue Pokémon en vainquant les membres de l'Élite 4 et le Champion en titre.
"Pokémon Saphir" sur Game Boy Advance offre une aventure captivante, mettant en avant l'exploration, les combats stratégiques et le lien spécial entre les dresseurs et leurs Pokémon, le tout dans un monde riche en diversité et en mystères.